Jeder Mitgliedsstaat ist mit einem Kommissionsmitglied vertreten. Somit besteht die Kommission aus 27 Mitgliedern - darunter der Präsident bzw. die Präsidentin, der bzw. die die Kommission leitet, und mehreren Vizepräsidenten. Der Kommissionspräsidenten weist jedem Kommissar einen bestimmten Politikbereich zu. Die Kommission ist gegenüber dem Parlament verantwortlich, und die gesamte Kommission muss zurücktreten, wenn das Parlament ihr das Misstrauen ausspricht.

Eigentlich ist die Zusammensetzung der Kommission in Art. 17 Abs. 5 des Vertrags der Europäischen Union anders geregelt. Der Artikel sieht vor, dass sich die Zahl der Mitglieder der Kommission reduzieren soll: Demnach soll die Kommission aus einer Anzahl von Mitgliedern, die zwei Dritteln der Mitgliedstaaten entspricht, bestehen. Der wichtige Zusatz lautet hier: sofern der Europäische Rat nicht einstimmig eine Änderung dieser Anzahl beschließt.
Obwohl diese Regelung seit dem 1. November 2014 gilt, hat der Europäische Rat bisher einstimmig beschlossen, die Anzahl der Mitglieder der Kommission entsprechend der Anzahl der Mitgliedstaaten zu belassen. Mit der Wahl zum Europaparlament 2019 und der einhergehenden Neubesetzung der Kommission könnte sich die Zusammensetzung der Kommission ändern.

Die Neubesetzung der Kommission erfolgt alle fünf Jahre innerhalb von sechs Monaten nach der Wahl des Europäischen Parlaments. Die Zustimmung des Europäischen Parlaments zur Besetzung der Kommission ist zwingend notwendig.

In einem ersten Schritt wählt das Europäische Parlament den vom Rat für das Amt des Präsidenten der Kommission vorgeschlagenen Kandidaten. Bei diesem Vorschlag ist das Ergebnis der Wahlen zum Europäischen Parlament zu berücksichtigen.
In einem zweiten Schritt nimmt der Rat im Einvernehmen mit dem Kommissionspräsidenten eine Liste der übrigen Kommissionsmitglieder an. Diese stellen sich dann dem Votum des Europäischen Parlaments.

In einem über mehrere Monate gehenden Verfahren werden diezukünftigen Kommissarinnen und Kommissare vom EU Parlament geprüft. Kriterien für die Bewertung sind u.a. deren allgemeine Befähigung, ihr europäisches Engagement, persönliche Unabhängigkeit, die Kenntnis über den künftigen Geschäftsbereich und kommunikative Fähigkeiten. Zudem müssen die Kommissare und Kommissarinnen weisungsunabhängig sein. (Das heißt, dass Weisungen von einer Regierung, einem Organ, einer Einrichtung oder jeder anderen Stelle weder einholen noch entgegennehmen dürfen.)

Anschließend kann das Parlament über die gesamte Kommission im Zustimmungsverfahren befinden. Entweder es stimmt dem Vorschlag komplett zu oder lehnt ihn komplett ab. Fällt das Votum des Parlaments positiv aus, so wird die Kommission vom Rat mit qualifizierter Mehrheit ernannt.

Die Europäische Kommission vertritt den Wert der Gleichheit innerhalb des Institutionsgefüges der EU. Zumindest die Gleichheit der Mitgliedstaaten, da die Kommission je ein Mitglied aus einem Mitgliedstaat hat und diese Mitglieder nicht an Weisungen ihrer Länderregierungen gebunden sind. Sie  dienen ausschließlich dem „Wohl der Union".
Die Kommission wird oft als „Hüterin der Verträge" bezeichnet, da eine ihrer wichtigsten Aufgaben darin besteht, über die Einhaltung der Verträge zu wachen.

Die wichtigsten Aufgaben der Kommission sind:

Politische Leitung
Die Kommission nimmt für ihre Arbeit eine jährliche und eine mehrjährige Programmplanung vor. Die Kommission arbeitet folglich nach den von ihrem Präsidenten vorgeschlagenen politischen Leitlinien. Damit trägt die Kommission zur politischen Leitung bei.

Rechtsetzung/Gesetzgebung
Bei der Gesetzgebung der Europäischen Gemeinschaft besitzt die Kommission das alleinige Initiativrecht. Dies bedeutet, dass sie direkt Gesetzesinitiativen ergreifen kann. Wollen Ministerrat oder Parlament, dass die EU in einem bestimmten Gemeinschaftsbereich Gesetze verabschiedet, müssen sie also erst die Kommission ersuchen, tätig zu werden.
In Politikbereichen teilt sich die Kommission das Initiativrecht mit den Mitgliedstaaten, die dort dem Rat Vorschläge unterbreiten können.

Verwaltung
Als Exekutivorgan ist die Kommission für die Verwaltung des EU-Haushalts und die Durchsetzung der beschlossenen Maßnahmen zuständig.

Kontrolle
Gemeinsam mit dem Europäischen Gerichtshof ist sie als Kontrollorgan für die Einhaltung der Verträge zuständig. Hierbei versucht die Kommission einen etwaigen Verstoß mit der betroffenen Länderregierung zu klären und erhebt bei weiteren Unklarheiten Klage vor dem Europäischen Gerichtshof.

Internationale Ebene
Auf internationaler Ebene ist die Kommission ein wichtiges Sprachrohr der Europäischen Union. So kommt es zum Beispiel vor, dass bei den G-20 Treffen neben Deutschland, Frankreich, etc. auch die Kommission mit eigener Stimme für die EU auftritt. Die Kommission ist für das Aushandeln handelspolitischer und sonstiger Abkommen mit Drittstaaten zuständig. Zudem hat sie die Leitung der von der Union betriebenen Außenvertretungen inne.
 

Die Kommission fasst ihre Beschlüsse mit einfacher Mehrheit ihrer Mitglieder. Im Moment wäre folglich ein Beschluss gefasst, wenn 14 Mitglieder mit „Ja“ stimmen. Sind weniger Mitglieder als die notwendigen 14 anwesend, kann kein Beschluss zustande kommen und die Kommission kann sich ausschließlich beraten.
Grundsätzlich werden Beschlüsse in gemeinsamer Sitzung verfasst. Dennoch gibt es die Möglichkeit eines schriftlichen Umlaufverfahrens oder eines Ermächtigungsverfahrens.

Seit dem Vertrag von Amsterdam legt der Präsident der Kommission die Leitlinien fest, nach denen die Kommission ihre Arbeit ausübt. Damit hat der Präsident der europäischen Kommission gegenüber der Kommission und ihrer Arbeit eine politische Leitlinienbefugnis.

Die umfangreichen Arbeiten der Kommission erfordern einen ressortmäßig gegliederten und hierarchisch organisierten Verwaltungsunterbau.